Darwin在1871出版《人類的傳衍》的〈序言〉提到：本以為1859年《物種起源》第一版裡所表明的就足以「引導認識人類的起源及其歷史」，因為該書意指著「關於人類如何在地球上出現的一般性結論都一定和其他生物種類一樣」的論述（DM:17）[i]；但鑑於事實上仍有不少人無法苟同《物種起源》裡的演化觀點且該書相關「人」的演化之論述不夠完備，Darwin將所收集關於人類起源的種種資料彙整出版《人類的傳衍》專論「人類在自然演化中的地位」。
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承襲《物種起源》提出的演化機制——自然選擇，《人類的傳衍》的主要論點是：「人是從某種在組織上不怎麼高等的生物型態傳衍而來的」，這是每一個專業的博物學家都會做出的正常判斷，且支持著這論點的基礎是無可動搖的，因為「就人與較低等的動物之間的相似性，無論就胚胎發育或結構及體質上都有無數個相似之處」，例如：人體上種種遺留而發育不全的器官及偶然發生的一些不正常的返祖遺傳（reversion）的現象，都是不爭的事實；並且，「只要我們把同一生物群體中各成員之間的親緣，及歷來在地理上的分佈，和它們在地層裡出現的先後連續性的種種事實結合起來思想，就會發現這樣一個清楚和屹立不搖的偉大的演化原則」；因此，「只有像野蠻人一般才會相信人是一個區別於其他生物的個別創造活動中的作品」，因為眾多的事實都指向一個結論，即：「人與其它哺乳類是在一個共同祖先下的不同後裔」（DM:676）。
在基於自然選擇演化原則基礎上表現出來的心理能力上，「動物的心理能力與人類的心理能力是屬於同種類的雖然程度上差別很大，但都具備進一步發展的能力」。人類憑藉著高出其它生物許多的心理能力才能進一步使用語言及發明種種工具，再加上社會習性的協助，「使人自很久以前就已成為所有活物（living creature）中最具支配地位的」（DM:679）；特別在語言普遍使用後，人的理智能力獲得更精進的發展，推理能力、抽象能力及自我意識能力等等也都隨著其它心理能力的改善及練習而發展起來了（DM:679-680）。
關於人的道德感（moral sense），基於自然選擇演化原則的可能來源有三，即：「來自動物的社會本能中持續存在的本性，來自人的同類間的讚賞與否的觀感，與來自對過去（行為的[ii]）印象仍歷歷在目下心理機能的高度運作」（DM:680）。所以，人總是瞻前顧後地比較所有對行為的印象，
並在一些暫時的慾望或激情凌駕在社會本能之上使社會本能一時無法實現時，且在此暫時的衝動削弱之後，人會在根深蒂固的社會本能下反省及比較之前衝動使然的行為，然後人會充斥著一種持續作用的強烈本能未能實現所帶來的痛苦與不滿，也因此督促著自己要做進一步的改善或避免——這就是「良心」（conscience）。（DM:680）
此外，基於自然選擇演化原則，人對上帝的信仰「並非內在於人或來自人的本能，而似乎只是普遍對無所不在的精靈鬼怪力量的信仰中的一種」，其由來與在一定程度的理性精進後，與想像力、好奇心及會對事物感到驚奇的能力的高度發展有關；而關於「一個仁慈的創造者的普遍概念，是經過長期文化薰陶後才在人的心裡浮現出來的」（DM:682）。
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從身體結構看人與動物之間的差別
《人類的傳衍》的目的是要去討論：「首先，人是否和其他物種一樣是從一些先存的物種型態傳衍而來的；其次，人發展成現在這樣的型態的方式；最後，人類種族之分的價值」（DM:18）。第一章章名寫著「人類從某些較低級型態傳衍而來的證據」就已清楚地表達了Darwin最想在書中呈現的目的——「人是從某種在組織上不那麼高等的生物型態傳衍而來的」（DM:676），證據就是：「人類和其他哺乳動物在身體構造上是按著同樣的模式或樣板的，人類身體裡的所有骨頭都可以一根一根地拿來和猴子、蝙蝠、或海豹身上相應的骨頭相比」（DM:22）；而且，
由人容易從低於人的動物身上傳染到如狂犬病、天花、馬鼻疽、梅毒、霍亂、水泡疹等疾病且也容易將這些疾病傳染給低於人的動物的這一事實就足以證明：人類和這些動物在細胞組織和血液的細微結構和內容的組分上，具有密切的相似性。（DM:23）
總之，「無論在總體的結構、細胞組織的細微構造、身體的化學組成成分及體質上的各方面，在人與高等動物之間尤其是對類人猿，都呈顯著極度密切相對應的性質」；而且，人的受精卵和其它動物的受精卵似乎是沒有差別的，甚至「在發展成胚胎的初期階段裡，其外觀也與脊椎動物的胚胎幾乎是無法分辨的」（DM:25）。
在論述「人類從某些較低級型態傳衍而來之身體結構上的證據」部份，Darwin最後重申：
除非承認隸屬於同一個綱裡的每一個成員都是從一個共同的始祖傳衍而來的，然後又因不同的環境條件而各自發生了一些適應上的變化，否則將無法理解為何它們在整個身體結構上有著同源構造的這一個現象。……宣稱這是出於同一個意念的計畫設計而使它們成為這樣的構造是不科學的。（DM:42）
此外，在發育上，胚胎整體上的相似及存在殘留器官的原因，都只能從源自一個共同的始祖來理解（DM:42-43）。人若還是不能相信動物具有一個共同始祖，那只能去承認以上所述環繞在我們生活的這些事實「只是妨礙人類判斷的陷阱」；這也是「我們自然會有的偏見，也是先輩以來宣稱我們是半神半人（demi-gods）的後代而有的自大[iii]，才使我們會去懷疑或反對這樣的結論[iv]」（DM:43）。
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人類發展成現在這樣的型態的方式
那，人類發展成現在這樣的型態的方式為何？Darwin認為：「人和每一種動物一樣都容易發生多樣的個體差別和輕微的變異，這樣的狀況無疑地與其祖先的狀況是相同的；變異的形成所導致的一般性原因是同樣的，支配法則的一般性及複雜性從以前到現在都沒變過」（DM:82）：當所有動物傾向於增殖過多而超出生活資源的限度時，就會導致生存奮鬥，進而產生自然選擇，並在之後的發展過程裡，身體的結構也會因為使用得多而獲得進一步的進展，這兩個作用是一直處於交互運作的狀態的（DM:83）。此外，雖然現實上的人類力量微弱、速度又慢，且未發育成熟前都仍處於極需幫助而無法自立耕生的階段，這樣在體質上如此軟弱的人類「在演化上得到了一種平衡作用，即：第一，人可以藉著理智的能力為自己製造武器及工具等等，即使仍處於未開化時期；第二，人可以藉著社會性的性質請求同類的協助或為其他人提供協助」（DM:84）。
人類之所以能發展成現在這樣的型態之運行的法則——變異的法則——也適用於各種動物，其中大多數也適用於植物；產生變異的法則主要是：第一，環境條件的改變所產生的直接與確定的作用：改變生活條件後，在時間夠長的條件下，必能使有機體的組織產生變異（DM:48）；第二，身體部位使用多寡所造成的影響[v]：用進廢退造成組織的變異會成為身體上的一種特徵並遺傳下去，這在時間夠久的情況下是可能發生的（DM:50-51）；第三，發育中止（arrests of
development）：發育中止時，身體的各部位停留在中止發育的該階段，但生物整個身體仍是持續生長的而並非是生長中止了，各種身體畸形及智能不足的狀態被視為是發育中止（DM:54）；第四，返祖遺傳[vi]（reversion）：身體某一結構發育中止，被視為是停留在某一低等物種時的結構——是返回到一個早期的生存狀態下的身體結構，但整個身體持續生長且與同類成年成員相應的結構十分相像（DM:55, 62）——這裡所要強調的是：凡不同於一般人類類型的身體構造，或某部分特別發達或特別沒有效用或產生一般人類類型所沒有的特徵，都是重現人類早期生存狀態——人類的祖先——時的某個身體構造上的特徵[vii]；第五，相互關連的變異（correlated variation）：身體結構上的各部位是彼此相關連的，有一個發生變化，必牽連或影響其他部位也接著發生變化，詳細原因不明但同源的一些結構特別易於一起發生變化[viii]，這都發生在包含人的所有動物上（DM:62-63）；第六，增殖率（rate of increase）：
在人還未達到具有人類尊嚴的狀態前，是比現在的野蠻人還 容易順應本能而較少使用理智的，以至於我們這些早期半人半神的祖先不會施行殺嬰及一妻多夫制；因為（先祖身上的）低等動物本能還未墮落[ix]（perverted），以至於不會經常性地傷害自己的後代或具有相當程度的嫉妒。他們並不會對婚 姻作審慎考量下的限制，而是在生命早年時期就自由性交。（DM:66）
不過，都並不因此在增殖率上比物質條件豐厚的文明時代的人多，因為人類的先祖在生殖上容易產生快速的增加，但他們會受到一種經常性或週期性的限制而使數量不致於過多，這些限制在性質上是與其他生物所受到的限制相同的（DM:66）；第七，自然選擇[x]（natural selection）：人在身體及心理方面都會發生變異並直接或間接地遺傳，所必須遵循的法則是與動物相同的——同樣必須面對因增殖過多而超過生活資源所限時會發生的生存奮鬥，然後經由自然選擇的法則將有利的變異保存下來，淘汰有害的變異（DM:67）。
「人類從最粗野原始的時期以來就是地球有生物以來最具支配地位的動物，人類散佈得比任何生物都廣泛，所有生物都必須在人類面前退讓」（DM:67）。人類這種明顯地高於一切生物的優越性是歸因於他的理智方面的特殊能力及社會習性，並憑著這種特殊能力和習性使人類能在同類之間相互協助及防衛；而且，藉由理智的特殊能力演化出有音節的語言，成為促使人類更加優越的主要基礎和力量（DM:67-68）。此外，還需配合身體結構上的特殊性才能使人類成為「目前這個世界上具支配地位」的動物：人類能充分運用雙手，並因此刺激腦部智力的發展而使雙手更靈巧地與發展後的腦部配合使更容易掌握事物；而雙手之所以能有較大的運用空間的前提是：人類的祖先先離開在樹上的生活模式，並在平地上漸漸不以四足行走而只以兩足行走才能使另兩足有較大的使用空間，而這樣的條件需配合身體漸漸「直立」才行（DM:71-75）。
最後，關於人類發展成現在這樣的型態的方式，Darwin重申：「我的論述表達兩個清楚的目的：第一，指出物種並非在以前（had）被個別地創造出來[xi]；第二，自然選擇在過去一直是所有生物發生變化的主要力量，次要是受生活習慣的種種遺傳影響，而環境條件的直接作用很少」（DM:81）。「無論我會遭到什麼批評或有什麼錯誤，至少如我所期望的，我是為推翻分別創造的教義盡了一分心力」（DM:82）。
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人類和動物在心理能力方面的比較
在「人類和動物在心理能力方面的比較」方面，「即使人和高等動物在心理能力上的差別很大，但這種差別肯定是個程度上而不是種類上的差別」；也就是說，人類各式各樣的情緒和才能，如專注、記憶、模仿、推理等等，都或多或少地可以在動物上觀察到，且一樣能通過遺傳得到改進。而人類自許的高級心理能力如概念的形成、自我意識等等，則「是人類高度發展的理智能力的一些偶然而附帶的結果而已，而這高度發展的能力還需歸功於一套完整的語言的不斷使用」。此外，「使人變得崇高的上帝信仰現象並不是普遍的；對精靈力量（spiritual agencies）的信仰是其它心理能力自然而然地產生出來的」。又，關於「人類的社會性本能——人類道德建立最主要原則——是在活躍的理智能力作用和習慣所產生的效用之下，自然而然地導引出如『你希望別人怎樣待你，你就要先怎樣待人』等道德金律而成為道德的基礎的」（DM:151）。
「若說只有人有心理能力而除了人之外的所有生物都不具備任何心理能力，或認為人的心理能力在本質上完全地不同於其他動物，那我們將永遠不能說服自己這些在人類身上高度發展的特殊能力是逐步發展而來的」；然而，事實上我們是可以指出「人和其他動物的心理能力並不存有根本上的差別的」，就像魚與猿類之間的差距雖比猿類與人類之間的差距還要大的多，但仍是一種程度上的差別；在不同人種之間也存在著程度上的差別：「一邊是如牛頓和莎士比亞的仁慈理智的文明人，一邊是還不會任何使用抽象名詞的野蠻人」。這都代表著這之間的差別是存有很多由淺到深的層次，而且層次不是固定的，是會發展而過渡或退回到其他層次的，但這之間都不存有任何本質上的差別（DM:86）。
理智能力
就人類理智能力（intelligence）的發展，Darwin認同Spencer的看法：「理智一開始是通過反射活動的反覆和協調動作而發展出來的，而且這些反射活動是從許多彼此十分相像而很難辨別的更簡單的本能逐步轉變而成」。也就是說，起初原是有意識而學習到的一些動作，不久之後通過習慣和熟練，就可以如反射活動般做出既快又準確的反應了，所以理智是可以和一些複雜的本能並存而沒有什麼不和諧的；此外，「自由理智的發展與本能的發展之間也存在著一定分量的相互干預（interference），而且這種干預會使腦部發生某種遺傳上的轉變」（DM:88）。
總之，由於人和動物之間的心理能力只是程度上的差別，所以人與動物之間的理智能力的差別當然也只是程度上的差別而已；在依循著同一種發展法則上，人因智力發展而呈現出的複雜情緒、好奇、羞恥、模仿、注意力、想像力、作夢、推理、沉思、回憶、聯想、抉擇等等，與動物之間也都是程度上的差別；甚至連抽象意識、一般概念形成、自我意識、心理的個性、語言、審美觀念及信仰上帝——宗教——等能力表現，與動物之間也都是程度上的差別而並不存有任何本質上的區別——當然，表現在高等動物之間的程度上差異會較明顯。此外，不同人種間在心理能力上也會是程度上差別的：「儘管野蠻人推理過程粗陋簡單，但就其受理性指引來推理而言，無疑和一個能做出一系列冗長的邏輯推演的哲學家一般」（DM:98）；而面對無法認同「動物擁有推理能力」的說法，Darwin回應：「爭辯把動物視為有生命的機器或許會比哲學推論的所有論點都還要好」（DM:100）。
自我意識
若「自我意識（self-consciousness）」意指著會反省自己從何而來、朝向何去、什麼是生命、什是死亡等這一類的問題，那「對一條記憶力極好又有一些想像能力的老狗，如果我們不否定它會藉由作夢去回想過去行獵追逐中的種種歡樂與痛苦，那這就是這隻老狗表現自我意識[xii]的一種方式了」（DM:105）。
在面對不苟同「動物擁有自我意識等高級心理」的質疑，Darwin回應：儘管有程度上的不同，普遍上都承認高等動物具有記憶能力、注意力、聯想能力甚至是一些想像力及理性能力，若說這些能力不能進一步演變成抽象化能力及自我意識等更高級的心理能力是不太可能的；或許在演進的歷程上，是無法去了解究竟在哪一個步驟上動物開始具有抽象化能力，但這問題就如同我們無法去認識到這種高級的心理能力究竟在我們自己的孩子幾歲時才開始出現一樣；不過，至少我們知道這些能力是以不易察覺的程度在小孩身上漸進地發展[xiii]（DM:105-106）。
語言
慣用音節的語言是人類獨有的特點？Darwin認為：有很多動物都會使用音節，一條狗理解人類的文字語句的能力相當於人類的嬰兒（10-12個月），一些鳥類也會發出有音節的聲音，受過訓練的鸚鵡也能將文字與事物相連結。就「語言」方面，人與其它動物的差別不在於使用音節，只在於：「人能將各樣式的聲音與心裡所想的那些意念連結在一起的能力相較於其他動物幾乎是無限大的，這顯然是由於人類心理能力高度發展的緣故」（DM:107-108）。
此外，人類的發音器官及語言能力的不斷使用，除了會刺激腦部的發展之身體上的變化也促使進行更深層的思考活動之心理能力上的轉變，並會在其結構和功能上引發一些遺傳上的變化。又，語言的使用蘊含著「形成一般概念的能力」，這也意味著在語言能力上與人類之間是程度上差別的動物，也是具有形成一般概念的能力的，且相對於人類同樣也只是程度上的差別，「就像一隻狗具有對貓或羊形成一般概念的能力且可以像哲學家一般運用這些概念」（DM:110-111）。
信仰上帝 — 宗教
Darwin認為「並不存有什麼證據來解釋為何人在很原始的時期便被賦予一個認為存在著一個全能的上帝的高貴信仰」（DM:116）；而且，長期在野蠻人的部落及現存的種族的語言中也找不到表達一神或多神概念的語詞。「然而，若把對看不見或非物質力量的信仰包括進『宗教』這名詞中，情況就完全不同了，因為這樣的信仰在較不文明的種族中是非常普遍的」（DM:116-117）；因為這樣的信仰起因於：「在想像力、驚奇及好奇心等高級心理能力與一些推理能力一起運作下，若得到進一步的進展，人將自然而然地會去渴望理解周遭的事物與有意無意地去思索自己的存在狀況」。然後，普遍上的解釋是：「會去相信自然現象背後存在著精靈」（DM:117）；接下來，「這樣的精靈信仰會很容易過渡到去信仰存在著一神或多神」（DM:118）。
對宗教的虔誠是一種高度複雜的感情，包含了愛和對至高及神祕的完善之完全順服，會強烈地感覺到依靠、畏懼、崇敬、感激、對將來的盼望等等；這除非是人類在理智與道德能力上已經達到相當高的發展，不然是無法經驗和表現這樣一種複雜的情緒的。然而，我們可以透過一隻狗對主人的深情、完全的順服、一些畏懼等等來發現：這是一種即使與人類的宗教虔誠之心理狀態差距甚大但性質卻接近的一種情感。（DM:118-119）
所以，有人才比喻：「一隻狗仰面看它的主人如同人仰面 看到上帝一般」（DM:119）。總之，「人類的高級心理能力一開始引導人信仰看不見的精靈力量（spiritual agencies），然後是物靈崇拜（fetishism），後來是多神信仰（polytheism），最後是一神信仰（monotheism）」（DM:119）。
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道德感
動物有所謂的道德感或良心？Darwin認為：「不論任何動物，只要天生被賦與顯著的社會性本能，再加上父母與子女之間的情感，又同時理智的能力有了足夠的發展或接近於足夠的發展，就無可避免地會獲得一種道德感或良心[xiv]，人就是這樣獲得所謂的道德感或良心的」（DM:120-121）。依循同一個法則下，動物不例外地也是有道德感的，且與人類之間只是程度上的差別，因為：第一，「社會性本能會使動物在同類群體中覺得愉悅，會對同類有一定的同情心進而想為他們服務；……而這些感覺及服務的對象並非對同類間的所有個體，而只限於有往來關係的對象」（DM:121）。第二，
在心理能力高度發展後，每一個個體的腦子裡會充斥著過去行為及動機的影像，然後一種沒被滿足的感覺，或永不變的痛苦……將從如同意識到當時所有本能沒有被滿足的感覺中被激起，那是持續長久的的社會性本能被一時激起但本質上並不持久的本能所屈服，所以這樣被壓制的過程將不會很久；這明顯就如同我們會飢餓的本能情慾一般，是暫時的本能反應，一經滿足後就比較不會去想這件事了。（DM:121-122）
第三，「在獲得語言能力後，社群的意願得以表達，一般認為每一個成員該如何去做有益於大眾的見解將自然地成為如何去行動的最重要引導」；而且，我們重視社群對我們的認同與否是建立在同情心（sympathy）的基礎上的，「同情心是形成社會性本能的一個重要的部分，更應該說是社會本能的基石」。最後，「個體的習慣在指導每一位成員的行為上，最終將扮演一個非常重要的部分；因為社會性的本能和同情心同任何其他本能一樣，被習慣大大地強化，最終將順從於社群的意願和判斷」（DM:122）。
總之，在不同本能相互征戰後，在事後回想中比較得失，自然會在心裡引發一種警示力量提醒自己應該順從什麼及不應該順從什麼，或做什麼是對的及做什麼是錯的（DM:123），並因此在各物種間漸漸形成程度上差異的道德感或良心。
社會性
然而，社會性動物是先處於社會性（sociablity）的狀態，然後再因群聚而覺得愉悅與因分離而覺得痛苦？還是因離合而有的悲歡感覺發展在先，然後誘使從群居生活中受益的動物生活在一起？Darwin贊同後者的看法並比喻：「就像先有飢餓的痛苦及享受飲食的歡愉在先，然後誘使動物去吃東西」；至於為什麼會有從社會群體而來的歡愉感覺，則「可能是父母與子女之間的情感之擴展，因為幼雛與父母在一起的關係維持越久的動物，似乎在社會性本能上是更有發展的；而這種情感的擴展應該部份歸功於習慣，主因是自然選擇」；而構成社會性本能的基礎——父母與子女之間的情感——之起源是不清楚的而只能推論：「很大程度上也是透過自然選擇」（DM:129）。
此外，同情心——作為形成社會性本能的基石（DM:122）——的基礎為何？Darwin認為[xv]：「同情心的基礎在於對過去的痛苦與歡樂之狀態的牢記不忘」；也因此，當我們見到他人受苦難時，就會在心理上喚醒自己曾經受苦難經歷時的記憶而使自己感到痛苦，以至於「我們會趨使自己去解救他人的苦難，為的是或許可以同時解救自己的痛苦感覺[xvi]」；同樣的緣故，我們也會因他人的歡喜而分享到他人的愉悅（DM:129）。
至於，現實上本能衝動之間會有的衝突或相互抵觸，Darwin認為：「任何更有益於物種的本能都會比其他或無益於物種的本能，透過自然選擇而使變成更有效力的本能；因為高度發展這本能的個體大量地存活下來」（DM:132），也或許正是因為這種緣故，有些成鳥會順從遷徙本能而丟下雛鳥不管。
人類和動物在心理能力方面的比較之總結：人是一種社會性動物
「任誰都會承認人是一種社會性的存有」（DM:132）：不喜歡獨處（solitudo）而喜歡生活在更大的群體裡，幾乎可以認定遺傳著一種對同伴忠誠和對群體領導服從的傾向，因為這是大多數社會性動物共同的性質，也因此會因遺傳而具備一些自制能力，使在不太阻礙自身利益及強烈慾望下願意與社群成員進行防衛工作並幫助他們（DM:132-133）。在對社群成員的幫助上，「層次上較低的社會性動物幾乎是完全受特殊本能所引導的；而層次上較高的社會性動物大部分上也是受特殊本能所引導，不過同時也明顯地受一些推理能力協助下相互之間的愛及同情的驅策」；也就是說，「人並不具備任何特殊本能來引導自己去幫助同伴，不過仍具備這方面的衝動並隨著理智能力的改善而使自然地受到推理能力與經驗在很多層面上的引導」；同時，「本能的同情心也會使人高度珍視同伴的認同與否」，以致於「人會高度地受到社群成員透過姿態及語言表達出來對他的期望、認可及責備所影響」（DM:133）。總之，人所做的決定同時受到他人認同及自身慾望的影響；不過，隨著愛、同情及自制因習慣而被強化，也由於推理能力越來越精確，使人能公正合理地評價同伴的判斷；以致於，人自身會感覺到一股驅策的力量使遠離短暫的苦樂而去遵從某些行為的路線。人可能因此宣稱——這不是任何野蠻人或未開化的人可能會去思考的——人是自己的行為之至高無上的審判官，而以康德的話來說，即：我自身將不會干犯人性的尊嚴。（DM:133）
這就是所謂的「道德性的存有（moral being）：一種有能力比較他自己的過去與將來的行為或動機，並為之表達認同或不認同的存有物」（DM:135）。而且，如同習慣會透過遺傳而強化一般，這樣的良心最後似乎「使所謂的『應該』僅僅意指著意識到行為法則，無論這行為法則是起因於何」；也就是說，總有一天，人的良心在遺傳的強化下會成為一種更持續的衝動，使人「習慣地去順從」做「應該」做的事（DM:140）。故此，人類所謂建基在道德基礎上的「幸福」，在社會性本能的解讀下或許即是對一般動物來說所謂的「在個別環境條件下有益於生養最精力旺盛、最健康等各方面最完美的最大量後代[xvii]」（DM:145）——嚴格意義上，漫長演化過程標示著「這個世界的出現似乎是長期為了預備人的降臨，且這歸功於連綿的祖先傳衍而來，若有任何一個環節不曾存在，人將不會成為現在的這個模樣[xviii]」（DM:193）。
[i] 《人類的傳衍》分為〈第一部分：人類的傳衍或起源〉及〈第二部分：性選擇〉，本文〈3.2〉主要參考自「第一部分」並集中在前四章。參考版本為Charles Darwin. [1879]2004. The
Descent of Man. 2nd ed. London: Penguin Classics.並以DM縮寫代表。
[ii] 括號內容為筆著所加。
[iii] 筆者認為：第一，Darwin將基督教教義裡「上帝以自己的形像造亞當——第一個人也是所有『人』的代表」而將人理解為亞當的後代，解讀為亞當不是人而是半人半神，故「人是半人半神的後代」；這是對教義錯誤的解讀。第二，依筆者回顧科學史發現（可參照本文第章的論述），人自大的根源在於隨著科學發展，人們發現可以倚靠自己而不再倚靠神啟就可以對自然有知識並依此知識利用自然，而越來越崇拜自己的能力並越來越漠視超自然的可能性而越來越自大。然而，這樣逐漸壯大的自大卻常以「人是上帝形像所造」等教義來掩飾，以至於達爾文有「基督教教義使人自大」的想法。事實上，以「人是上帝形像所造」等教義來掩飾人逐漸壯大的自大的巧思，到後來即誤導許多人將「人自大驕傲所造成的罪惡後果」歸咎於「基督教教義」，如歷史學家懷特（Lynn White, 1907-1987）在〈生態危機的歷史根源〉（“The Historical Roots of our Ecological Crisis”）即提出「猶太基督宗教鼓勵人支配自然因此造成現在眾多生態危機」的論述（1967:1203-1207）。這些問題歸咎起來除了有人詭詐掩飾的因素外，對基督教義——聖經經文——的如實掌握與否也是問題的關鍵。
[iv] 事實上，達爾文提出許多自然事實以佐證演化現象的可能是相當有科學根據及價值的，但承認有「演化現象或演化事實」與承認「演化論」——即一個以「演化」解釋所有存有現象的理論——是兩回事；因為生物上存在著演化事實或現象不等於演化作用是影響或主導生物主要或唯一的力量或作用；而且，相信存在著一種主導生物生命的力量或系統不等於要接受達爾文的說法，甚至不等於要接受演化論的說法，我們至多只能說在這一個生命運轉的系統裡存在著演化現象或事實，而對於其他可能性必須保留嚴謹的態度看待，這除了是科學精神也是謙卑的態度。
[v] 這是《物種起源》出版前Lamarck就已提出的看法，達爾文一開始有反駁但在後期是肯定的。
不過，在之後遺傳學研究對達爾文主義發展的影響中，「用進廢退」的看法是越來越不受重視的，詳述可參閱本文〈4.2〉。
[vi] 此部分裡的很多論述也可以歸為「發育中止」（DM:55）。
[vii] 如有些人犬齒特別發達，有些人有多出一些肌肉（DM:59-60）。
[viii] 如身體左右兩邊對稱，及四肢的相對應；不過，大部分相互關連的變異關係是不明的（DM:63）。
[ix] 原文第62註解提到：有評論認為這樣的看法會導出「知識的取得是道德暫時墮落的原因，這墮落終將獲得拯救，不過還要經受一段漫長的忍耐過程才行」；這看法是源自傳統基督信仰的教義（DM:66）。
[x] 自然選擇與相互關連的變異及增值率相關。
[xi] 這意味著Darwin反對生物的創造在歷史上的某個時間點之後就已經完成了的說法，而這也是當時教會及大眾的信仰觀念；若從「連續創造」及「上帝護理」的觀念來看，「上帝的創造」代表著上帝一直在供養、支持及護理著這個世界，是這個世界得以繼續存在的理由，所以達爾文的這個觀點是對的，而當時的教會及大眾所墨守的創造觀念則是錯的。由此可以看出，演化論與基督信仰的衝突中，墨守字面解釋的錯誤與不勤於研讀聖經教導的懶惰是加深衝突的要素之一；有些衝突成為不必要，甚至存在著沒有衝突的契合。不過，不因此認同Darwin所有對基督信仰教義的批評，也不因此否定所有教會所堅持的信仰教義。然而，達爾文反對上帝創造在以前一個時間點就結束了也不等於Darwin贊同連續創造的觀點，事實上，Darwin與達爾文主義的觀點是以否定一個上帝為前提的論述所鋪陳的，而教會的信念是以肯定一位上帝為前提的，但兩者的論述各有不盡完備之處。
[xii] 討論自我意識能力是建基在已具備想像能力及抽象能力——形成一般概念——的基礎上的。筆者省略達爾文在書中有關這兩個部分的討論。
[xiii] Darwin以一個人從嬰兒小孩到成熟大人的成長過程比喻生物之間的演進，而很難去判定生物演進是在哪一個階段發展出自我意識的問題，就像是很難在一個人的成長過程中去判定在哪一個成長階段開始有自我意識一般。
[xiv] 不過，不都成為和人完全一樣的那種道德感，各種動物都有其不太相同的發展趨向（DM:122）。
[xv] 是Darwin認同Adam Smith及貝恩（Alexander Bain, 1818-1903）的觀點下提出的（DM:129）。
[xvi] 這是為利他行為賦予利己動機或基礎的論述，這在之後的社會生物學及演化論倫理學發展上是重要的核心觀點之一。
[xvii] 奧地利倫理學家Wuketits承襲演化論倫裡學思想認為：一個人人都熱切期盼的幸福世界即是一個從人被賦予的生物性能力上去體恤人的道德實踐而因此「不阻礙個人的發展，尊重個人利益，但同時又要注意不要讓一些個人阻礙他人的發展」的社會（Wuketits, 2001:153-154）。
[xviii] 這是從演化也就是從生物性因素來肯定一種人類中心思想，也正因為是從「演化」上來肯定而帶有一種自然而然而理所當然及實至名歸的榮耀，也因此讓人類操控自然的行為被視為榮耀的展現，然後在這種榮耀中忽視了也是掩蓋了人類不止於滿足生活需求而追求滿足於慾望的「過度」操控及剝削，但正因為它是基於演化基礎所建立的觀念，以至於為滿足於無止盡慾望的過度行為仍會被視為一種生物性行為，故應仍是一種自然而然及理所當然的行為表現，它不應被苛責或管制以至於妨礙生物性的實現，反而應視之為演化對人的祝福的一種榮耀的展現。
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